Theo Thông tư, tổ chức thu phí là Cục Quản lý xuất nhập cảnh (Bộ Công an); công an, Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Cục Lãnh sự, Sở Ngoại vụ TP. Hồ Chí Minh (Bộ Ngoại giao); công an huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; công an xã, phường, thị trấn (có thẩm quyền cấp giấy tờ xuất nhập cảnh).
Mức thu phí, lệ phí trong lĩnh vực xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh, cư trú tại Việt Nam được quy định tại Biểu mức thu phí, lệ phí ban hành kèm theo thông tư này. Phí cấp thị thực và các giấy tờ khác có giá trị xuất cảnh, nhập cảnh, cư trú cho người nước ngoài thu bằng đồng Việt Nam, đồng Đôla Mỹ (USD).\
Có 7 trường hợp được miễn phí và trường hợp miễn lệ phí cấp hộ chiếu. 7 trường hợp được miễn phí, gồm: Khách mời (kể cả vợ hoặc chồng, con) của Đảng, Nhà nước, Chính phủ, Quốc hội hoặc của lãnh đạo Đảng, Nhà nước, Chính phủ, Quốc hội mời với tư cách cá nhân; viên chức, nhân viên của các cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự nước ngoài và cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế tại Việt Nam và thành viên của gia đình họ (vợ hoặc chồng và con dưới 18 tuổi), không phân biệt loại hộ chiếu, không phải là công dân Việt Nam và không thường trú tại Việt Nam không phải nộp phí trên cơ sở có đi có lại; trường hợp miễn phí theo điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết hoặc tham gia hoặc theo nguyên tắc có đi có lại…
Thông tư quy định lệ phí cấp hộ chiếu, giấy thông hành, giấy phép xuất cảnh, tem AB có mức từ 5.000 đồng đến 1,2 triệu đồng/lần cấp.
Phí cấp thị thực và các giấy tờ khác có giá trị xuất cảnh, nhập cảnh, cư trú cho người nước ngoài có mức từ 5 USD đến 155 USD/chiếc, thẻ, người.
Chậm nhất là ngày thứ năm hàng tuần, tổ chức thu phí, lệ phí phải gửi số tiền phí, lệ phí đã thu của tuần trước vào tài khoản phí, lệ phí chờ nộp ngân sách mở tại Kho bạc Nhà nước.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 11/5/2021.