Cụ thể, Công ty CP Giao nhận vận tải Ngoại thương (VNT Logistics) đã có hành vi vi phạm về thuế như: kê khai thiếu thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết trong hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2019, 2020 và 2021; chưa thực hiện kê khai điều chỉnh giảm chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN kỳ từ năm 2017 – 2020 theo Biên bản kiểm tra thuế của Chi nhánh Công ty tại TP Hải Phòng; khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp (bao gồm: sử dụng hoá đơn mua hàng hoá dịch vụ bất hợp pháp để kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, hạch toán một số khoản chi phí không hợp lý, hợp lệ, vi phạm quy định của Chính phủ).
Công ty CP Giao nhận vận tải Ngoại thương bị xử phạt do có hành vi gian lận thuế.
Do vậy, Cục thuế TP Hà Nội quyết định phạt VNT Logistics số tiền 368,16 triệu đồng với các sai phạm về thuế. Trong đó, 346,56 triệu đồng là số tiền phạt bằng 20% số thuế khai sai (gồm: phạt 20% trên số thuế TNDN năm 2021 truy thu qua thanh tra 265,42 triệu đồng, phạt 20% trên số thuế TNDN năm 2017 – 2020 tăng thêm sau kê khai bổ sung là 81,13 triệu đồng); 4,2 triệu đồng là số tiền phạt đối với hành vi kê khai thiếu thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết trong hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2021, có tình tiết tăng nặng do vi phạm nhiều lần; 17,4 triệu đồng là số tiền phạt đối với hành vi trốn thuế, gian lận thuế do sử dụng hóa đơn bất hợp pháp (gồm: phạt tiền 01 lần tính trên số thuế trốn do hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, không có tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ mức phạt 2,49 triệu đồng, phạt tiền 1,5 lần tính trên số thuế trốn do hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, không có tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ mức phạt 14,91 triệu đồng).
Đồng thời, VNT Logistics buộc phải nộp đủ số tiền thuế thiếu vào Ngân sách Nhà nước số tiền 1,34 tỷ đồng, trong đó thuế GTGT là 4,14 triệu đồng, thuế TNDN là 1,34 tỷ đồng. Do có hành vi chậm nộp tiền thuế thuế TNDN năm 2021 so với quy định nên Công ty phải nộp thêm số tiền chậm nộp tiền thuế 99,14 triệu đồng. Tổng truy thu, phạt và tiền chậm nộp của VNT Logistics là 1,81 tỷ đồng.
Ngoài ra, VNT Logistics phải có biện pháp khắc phục hậu quả bằng việc nộp lại phụ lục I “thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết” kèm theo hồ sơ quyết toán thuế TNDN năm 2019, 2020, 2021 theo quy định. Thời hạn thực hiện được tính trong 10 ngày kể từ ngày VNT Logistics nhận được quyết định xử phạt. Nếu quá hạn, Công ty không tự nguyện chấp hành thì sẽ bị cưỡng chế thi hành theo quy định của pháp luật.
Theo tìm hiểu, Công ty CP Giao nhận vận tải Ngoại Thương (VNT Logistics) tiền thân là Chi nhánh phía Bắc mang tên Vinatrans Hà Nội thành lập năm 1996, đến năm 2002 thì chuyển thành Công ty cổ phần. Hoạt động kinh doanh chính của Công ty là thực hiện các hợp đồng giao nhận hàng hóa trong và ngoài nước theo đơn đặt hàng/hợp đồng của khách hàng, trong đó Dịch vụ giao nhận vận tải hàng không là dịch vụ chủ đạo mang lại doanh thu chính cho VNT Logistics, chiếm 43,26% doanh thu. VNT Logistics hiện đang sở hữu 20 xe đầu kéo, hệ thống rơ móc có khả năng vận chuyển hàng có trọng tải từ 25 – 60 tấn, hệ thống cần cẩu có sức cẩu từ 16 – 60 tấn, đội xe tải có trọng tải từ 500kg – 2,5 tấn, 02 xe nâng container giá trị lớn. Ngoài ra, Công ty còn có 01 nhà kho tại số 2 Bích Câu, 01 kho hàng tại Gia Lâm và 01 kho trên diện tích lớn tại Hải Phòng.
