Thủ tướng yêu cầu Ban chỉ đạo trên do Phó Thủ tướng Chính phủ Trần Hồng Hà làm Trưởng Ban. 3 Bộ trưởng 03 Bộ: Giao thông vận tải, Kế hoạch và Đầu tư; Tài chính làm Phó Trưởng Ban.
Các Ủy viên là: Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường, các Bộ trưởng các bộ, ngành có liên quan, Chủ tịch Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp; đại diện lãnh đạo Ban Kinh tế Trung ương, Ủy ban Kinh tế Quốc hội, Ủy ban Tài chính – Ngân sách Quốc hội.
Tổ giúp việc Ban Chỉ đạo không quá 15 người bao gồm các cán bộ, chuyên gia, nhà khoa học đầu ngành trong lĩnh vực giao thông vận tải đường sắt.
Trong báo cáo nghiên cứu tiền khả thi được trình Chính phủ vào tháng 2/2019, dự án đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam đi qua 20 tỉnh, đường đôi, khổ 1.435 mm, điện khí hóa, chiều dài 1.545 km, tốc độ khai thác tối đa khoảng 320 km/h. Đoàn tàu sử dụng công nghệ động lực phân tán.
Tổng mức đầu tư dự kiến toàn bộ dự án khoảng 58,71 tỉ USD bao gồm: chi phí giải phóng mặt bằng 1,98 tỉ USD, chi phí xây dựng 31,58 tỉ USD, thiết bị 15 tỉ USD, chi phí quản lý dự án, tư vấn 5,82 tỉ USD, chi phí dự phòng 4,07 tỉ USD.
Trong kết luận của Bộ Chính trị về định hướng phát triển giao thông vận tải đường sắt Việt Nam, giai đoạn 206 – 2030 sẽ ưu tiên khởi công các đoạn đường sắt tốc độ cao Hà Nội – Vinh và TP.HCM – Nha Trang. Phấn đấu đến năm 2045 sẽ hoàn thành toàn tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc – Nam.