Trước đó, trong quá trình mở rộng điều tra vụ án Lê Minh Xuân cùng đồng bọn phạm tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, “Mua bán hóa đơn” và “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”, tháng 2/2023, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu đã bắt tạm giam Đào Hồng Đức, Giám đốc Trung tâm đăng kiểm tàu cá Tổng cục Thủy sản thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Nguyễn Vũ Hà, Trưởng phòng Trung tâm đăng kiểm tàu cá Tổng cục Thủy sản và Nguyễn Quốc Công, đăng kiểm viên Trung tâm đăng kiểm tàu cá Tổng cục Thủy sản.
Quá trình điều tra, vào khoảng cuối năm 2020, Đức, Hà và Công là lãnh đạo, công chức thuộc Trung tâm đăng kiểm tàu cá Tổng cục Thủy sản cùng với Nguyễn Đức Hoàng và Đinh Cao Thượng (là lãnh đạo, công chức Chi Cục thủy sản thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu), trong quá trình thực hiện chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về hoạt động giám sát, thi công, kiểm tra, thẩm định, cấp giấy tờ pháp lý và giải quyết hồ sơ ngân sách nhà nước chi hỗ trợ đóng mới tàu cá cho ngư dân theo Nghị định số 17 của Chính phủ đã không thực hiện đầy đủ chức trách, nhiệm vụ đối với tàu cá BV 91098 TS và tàu cá BV 91099 TS của Đặng Thế Hùng và Nguyễn Văn Hùng
Các bị can được cho là đã có sai phạm trong quá trình giải quyết hồ sơ ngân sách chi hỗ trợ đóng mới tàu cá cho ngư dân theo Nghị định số 17/2018/NĐ-CP dẫn đến gây thiệt hại cho ngân sách số tiền hơn 35 tỷ đồng.
Đến cuối tháng 3/2023, sau khi đánh giá toàn bộ tài liệu, chứng cứ của vụ án, cơ quan tố tụng xác định các bị can thực hiện hành vi mang yếu tố lỗi cố ý, có mục đích vụ lợi nên đã thay đổi tội danh đối với các bị can sang tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Qua điều tra mở rộng, cơ quan điều tra xác định ông Trần Văn Cường thời điểm này là Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu, là người đứng đầu cơ quan, đơn vị nhưng thiếu tinh thần trách nhiệm để cấp dưới gây hậu quả nghiêm trọng nên tiến hành khởi tố bị can và bắt tạm giam để điều tra về hành vi “thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
