Trong đơn khởi kiện, Công ty Cổ phần In tổng hợp Cần Thơ đề nghị Toà án Nhân dân thành phố Cần Thơ tuyên hủy 2 quyết định số 1152/QĐ-CTCTH và 1153/QĐ-CTCTH 28/7/2022; hủy Thông báo số 4367/TB-CTCTH ngày 11/8/2022 và Văn bản số 6380/CTCTH-KK ngày 29/12/2023 của Cục trưởng Cục Thuế thành phố Cần Thơ; xác nhận công ty không nợ thuế, không nợ tiền thuê đất và gỡ thông tin công ty nợ tiền thuê đất trên hệ thống quản lý thuế tập trung.
Vụ việc này, trên cơ sở ý kiến của Phó Thủ tướng Lê Minh Khái, Văn phòng Chính phủ 2 lần có văn bản chỉ đạo Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ giải quyết theo thẩm quyền. Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ có nhiều văn bản chỉ đạo Cục Thuế giải quyết theo kiến nghị của doanh nghiệp nhưng vụ việc kéo dài hơn 2 năm, và đến nay, cục vẫn đùn đẩy, né tránh việc khắc phục sai sót do mình gây ra.
Trong các văn bản trả lời kiến nghị của công ty, Cục Thuế Cần Thơ khẳng định: Việc thu hồi quyết định miễn tiền thuê đất vượt quy định 3 năm (từ năm 2011-2014) là thực hiện theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước khu vực V. Cục Thuế cũng đề nghị nếu doanh nghiệp không đồng ý với các quyết định của cục thì có quyền khiếu nại và có thể khởi kiện ra tòa hành chính theo quy định của pháp luật.
Tuy nhiên, các văn bản của Kiểm toán nhà nước khu vực V gửi Ủy ban nhân nhân dân thành phố Cần Thơ về giải quyết kiến nghị của Công ty Cổ phần In tổng hợp Cần Thơ không kiến nghị việc truy thu tiền thuê đất mà Cục Thuế đã ký trước đây.
Cụ thể: Văn bản số 741/KV V-TH ngày 4/12/2023 phúc đáp công văn của Uỷ ban nhân dân thành phố Cần Thơ về những kiến nghị của công ty do ông Nguyễn Đức Tín, Kiểm toán trưởng Kiểm toán nhà nước khu vực V ký nêu rõ: Kiểm toán Nhà nước không kiến nghị trực tiếp truy thu tiền thuê đất đối với công ty, không kiểm toán đối với việc kiểm tra, rà soát của Cục Thuế thành phố Cần Thơ và các quyết định điều chỉnh miễn tiền thuê đất do Cục Thuế ban hành sau thời điểm kết thúc kiểm toán (nội dung này Kiểm toán trả lời Ủy ban nhân dân thành phố ngày 11/7/2023).
Do đó, việc không truy thu tiền thuê đất đối với Công ty Cổ phần In tổng hợp Cần Thơ là do các cơ quan thẩm quyền của thành phố quyết định và chịu trách nhiệm trước pháp luật. Kiểm toán sẽ ghi nhận việc thực hiện kết quả kiểm toán theo kết quả xem xét, quyết định của các cơ quan có thẩm quyền của thành phố.
Trong văn bản số 131/KV V-VH ngày 11/7/2023 gửi Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ về những kiến nghị của công ty sau khi Cục Thuế ban hành 2 quyết định 1152/QĐ-CTCTH và quyết định số 1153/QĐ-CTCTH 28/7/2022 cũng do Kiểm toán trưởng Kiểm toán nhà nước khu vực V Nguyễn Đức Tín ký cho biết: Báo cáo kiểm toán phát hành ngày 4/1/2019, Tổng Công ty Quản lý và Kinh doanh vốn nhà nước (SCIC) bán vốn nhà nước tại công ty (trong quá trình cổ phần hóa) ngày 20/4/2020. Nhưng đến ngày 27/8/2022 (sau gần 3 năm báo cáo kiểm toán phát hành), Cục Thuế mới thực hiện kiến nghị của kiểm toán về việc rà soát việc miễn giảm tiền thuê đất của Công ty Cổ phần In tổng hợp Cần Thơ. Như vậy, Cục Thuế Cần Thơ chậm thực hiện kiến nghị của kiểm toán dẫn đến SCIC bán vốn nhà nước tại công ty đã không xác định nghĩa vụ ngân sách.
Sai sót này do sự chậm trễ của Cục Thuế Cần Thơ trong việc thực hiện kiến nghị của kiểm toán. Khi sai sót xảy ra, Cục thuế “sửa sai” bằng cách ra 2 quyết định (1152, 1153) thu hồi, hủy các quyết định miễn tiền thuê đất do cục đã ký trước đây; khi doanh nghiệp không đồng tình thì vội vàng, áp đặt doanh nghiệp.
Chủ tịch Hội đồng quản trị, Tổng giám đốc Công ty Cổ phần In tổng hợp Cần Thơ Trần Bình Trọng bày tỏ bức xúc: Việc làm của Cục Thuế Cần Thơ đi ngược lại chủ trương của Đảng, Nhà nước và thành phố Cần Thơ và phương châm của ngành thuế là đồng hành, hỗ trợ doanh nghiệp. Vụ việc kéo dài hơn 2 năm gây nhiều khó khăn, tổn thất cho công ty. Không còn cách nào khác, đơn vị mới khởi kiện Cục Thuế vì tin vào lẽ phải, sự công bằng của pháp luật.
Ngày 22/3/2024, theo yêu cầu của Thường trực Hội đồng Nhân nhân thành phố, Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ có báo cáo vụ việc của Công ty Cổ phần In tổng hợp Cần Thơ gửi lãnh đạo Hội đồng Nhân dân thành phố để xem xét, giám sát.
Ngày 27/3/2024, Văn phòng Chính phủ tiếp tục có văn bản (lần thứ 3) gửi Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ và Bộ Tài Chính giải quyết kiến nghị của Công ty Cổ phần In tổng hợp Cần Thơ theo thẩm quyền.
