Theo kết luận, trước khi xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hoá, VIVASO phải thực hiện việc xác nhận, đối chiếu công nợ và phải được khách nợ, chủ nợ ký biên bản.
Tuy nhiên, trong hồ sơ xác định giá trị doanh nghiệp VIVASO xác nhận, đối chiếu cả những khoản công nợ khi chưa được khách nợ, chủ nợ ký Biên bản đối chiếu là vi phạm quy định tại Điều 5, Điều 6 Thông tư số 202/2011 của Bộ Tài chính.
Cảng Hà Nội không theo dõi khoản công nợ phải thu của Công ty TNHH Sao Nam Sông Hồng trên sổ sách kế toán với số tiền hơn 16 tỉ đồng là vi phạm quy định tại Khoản 3, Điều 7 Luật Kế toán số 03/2003/QH11, dẫn đến việc mất số tiền trên, nên cần phải được xử lý theo quy định.
Việc xác nhận đối chiếu cả những khoản công nợ khi chưa được khách nợ, chủ nợ ký Biên bản đối chiếu thuộc trách nhiệm VIVASO; xác định giá trị doanh nghiệp thiếu vốn, mất vốn Nhà nước hơn 16 tỉ đồng thuộc trách nhiệm Cảng Hà Nội, VIVASO.
Về việc kiểm kê đối với cảng Việt Trì, cảng Vĩnh Phúc, Bộ Giao thông vận tải (GTVT) phê duyệt dự án Phát triển giao thông vận tải khu vực đồng bằng Bắc Bộ nhưng không có phương án bồi thường giải phóng mặt bằng, phương án khai thác sử dụng của dự án.
Ban chỉ đạo cổ phần hoá, Bộ GTVT trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt phương án cổ phần hoá nhưng thiếu trách nhiệm không phát hiện hoặc cố tình không báo cáo Thủ tướng Chính phủ việc không thể đồng thời thực hiện cổ phần hoá VIVASO và Công ty TNHH MTV Vận tải và Xếp dỡ đường thuỷ nội địa với việc đầu tư nâng cấp cảng Việt Trì và cảng Ninh Phúc bằng nguồn vốn WB6 trong khi việc cổ phần hoá VIVASO và việc thực hiện dự án WB6 đều do Bộ GTVT chỉ đạo và quản lý.
Tổng công ty Vận tải thuỷ khi chưa được cấp có thẩm quyền cho phép đã tự ý khai thác, sử dụng một phần cảng Việt Trì, cảng Ninh Phúc là vi phạm Khoản 4, Điều 124 Luật Xây dựng năm 2014.
Theo TTCP, những việc làm trên đã dẫn đến hậu quả là phương án cổ phần hoá của VIVASO thiếu chính xác, tài sản cảng Việt Trì, cảng Ninh Phúc đã hoàn thành từ năm 2015 nhưng đến nay chưa được bàn giao đưa vào khai thác, sử dụng theo quy định, nguy cơ lãng phí vốn đầu tư với số tiền khoảng 134,9 tỉ đồng khi không đưa vào sử dụng. Trách nhiệm thuộc về Ban Quản lý dự án, Cục đường thuỷ nội địa Việt Nam, Bộ GTVT; VIVASO, Tổ giúp việc, đơn vị tư vấn, Ban Chỉ đạo cổ phần hoá.
Về thoái vốn, Bộ Giao thông vận tải chuyển nhượng 6.554.740 cổ phần của VIVASO cho Công ty Liên hợp xây dựng Vạn Cường theo hình thức thỏa thuận trực tiếp theo Điểm b, Khoản 2, Điều 8 Thông tư số 220/2013 của Bộ Tài chính khi có 1 nhà đầu tư đăng ký mua và được Thủ tướng Chính phủ cho phép tại Văn bản số 6424 ngày 21.8.2014 của Văn phòng Chính phủ.
Tuy nhiên, việc Hội đồng quản trị VIVASO ban hành Nghị quyết số 1154 bán 6.554.740 cổ phần Nhà nước tại Tổng công ty cho Công ty Liên hiệp xây dựng Vạn Cường trước khi thực hiện các bước lựa chọn tổ chức tư vấn phương án thoái vốn, công khai việc chào bán cổ phần là không đúng về trình tự thời gian.
"Trách nhiệm thuộc Hội đồng quản trị, người đại diện vốn Nhà nước tại VIVASO", kết luận nêu.
Từ kết quả thanh tra trên, Thanh tra Chính phủ đã có kiến nghị xử lý trách nhiệm.
Đối với Bộ Giao thông vận tải, xem xét, xử lý trách nhiệm của các cá nhân, tổ chức liên quan đến các khuyết điểm, vi phạm trong việc xây dựng phương án cổ phần hóa.
Xác định giá trị của doanh nghiệp để cổ phần hóa; việc xác định giá trị vốn Nhà nước tại thời điểm chính thức chuyển sang công ty cổ phần và việc thoái vốn Nhà nước đã được nêu trong phần kết quả và kết luận thanh tra.
Chỉ đạo các cơ quan chức năng rà soát quy định của pháp luật và nội dung hợp đồng ký kết với đơn vị tư vấn xác định giá trị doanh nghiệp để xử lý theo thẩm quyền.
Kiến nghị Bộ Tài chính xem xét xử lý theo thẩm quyền đối với Công ty TNHH Kiểm toán CPA VIETNAM (trước đây là Công ty Hợp danh Kiểm toán Việt Nam) tư vấn cổ phần hoá để xảy ra các tồn tại, vi phạm liên quan đến xác định giá trị doanh nghiệp của VIVASO.
Đối với Bộ Tài chính: Kiểm điểm, xem xét xử lý trách nhiệm cá nhân thuộc quyền quản lý của Bộ khi để xảy ra các khuyết điểm, vi phạm đã được nêu trong phần kết quả và kết luận thanh tra.
Đối với Bộ Công an và Viện kiểm sát Nhân dân tối cao, tiếp nhận hồ sơ từ cơ quan Thanh tra Chính phủ về nội dung cổ phần hoá đối với các tài sản hình thành từ việc sử dụng nguồn vốn WB6 (cảng Việt Trì, cảng Ninh Phúc) với tổng giá trị đầu tư gần 135 tỉ đồng và việc xác định giá trị doanh nghiệp để cổ phần hoá, thoái vốn sai mất vốn Nhà nước tại cảng Hà Nội với số tiền hơn 16 tỉ đồng để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Đối với UBND TP.Hà Nội: Xem xét, xử lý trách nhiệm của cá nhân, tổ chức có liên quan đến việc chậm có ý kiến về phương án xử lý 3 lô đất khi cổ phần hóa của VIVASO; không kiểm tra, xử lý tình trạng xây dựng trái phép, không phép trên khu đất tại cảng Hà Nội thuộc VIVASO như đã được nêu trong phần kết quả và kết luận thanh tra; xử lý dứt điểm các vi phạm về xây dựng không phép nêu trên.
