Theo phản ánh của báo chí, Dự án Thủy điện Hồi Xuân (Thanh Hóa) được phê duyệt vào Quy hoạch thủy điện bậc thang sông Mã tại Quyết định số 1195 ngày 31.3.2005; được đưa vào Quy hoạch phát triển điện lực quốc gia giai đoạn 2011-2020, có xét đến 2030 (Quy hoạch điện VII) phê duyệt tại các Quyết định số 1208 ngày 21.7.2011 và Quyết định số 428 ngày 18.3.2016 (Quy hoạch điện VII điều chỉnh) của Thủ tướng Chính phủ.
Mặc dù đã đạt khối lượng 93% nhưng dự án bất ngờ lâm vào tình cảnh chậm tiến độ, thi công dở dang, ảnh hưởng đến đời sống của nhiều hộ dân nằm trong vùng dự án. Trong đó, có hơn 655ha đất trong vùng lòng hồ dự án thủy điện bị ảnh hưởng, và hàng nghìn hộ dân bị tác động. Đến nay, nhiều hộ dân vẫn chưa được nhận tiền đền bù hoặc chưa có khu tái định cư khiến cuộc sống gặp nhiều khó khăn.
Theo tìm hiểu, Dự án thủy điện Hồi Xuân có tổng mức đầu tư khoảng 3.320 tỉ đồng, do Công ty cổ phần đầu tư và xây dựng điện Hồi Xuân (VNECO), thuộc Tổng công ty Cổ phần Xây dựng điện Việt Nam, làm chủ đầu tư, được khởi công vào tháng 3-2010. Tuy nhiên khi đang triển khai, do không đủ năng lực tài chính, VNECO đã phải dừng thi công. Đến tháng 6.2014, Công ty TNHH dịch vụ-thương mại-sản xuất-xây dựng Đông Mê Kông mua lại cổ phần và trở thành cổ đông chính nắm giữ khoảng 91% cổ phần của VNECO.
Năm 2015, Dự án Thủy điện Hồi Xuân được chuyển giao cho Công ty TNHH dịch vụ-thương mại-sản xuất-xây dựng Đông Mê Kông và được Chính phủ bảo lãnh cho khoản vay thương mại 125 triệu USD từ Ngân hàng Goldman Sachs (Mỹ). Nhờ đó, dự án được thi công trở lại vào năm 2017, nhưng cũng chỉ được một thời gian lại phải dừng lần thứ hai vì thiếu vốn.
Ngày 12.12.2022, tại tỉnh Thanh Hóa, Phó Tổng Thanh tra Trần Văn Minh chủ trì buổi công bố quyết định thanh tra về quy hoạch, điều chỉnh quy hoạch các dự án có sử dụng đất và dự án FLC Sầm Sơn Golf Links, dự án khu đô thị du lịch sinh thái FLC, dự án Thủy điện Hồi Xuân trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa.
Theo báo cáo của VNECO Hồi Xuân, dự án đã thực hiện được khoảng 93% khối lượng công trình với giá trị thực hiện ước đạt hơn 4,2 nghìn tỉ đồng. Dự án còn thiếu 280 tỉ đồng để giải phóng mặt bằng, xây dựng các hạng mục và đi vào vận hành nhà máy.
Hiện nay còn một số hạng mục chưa được thi công như công trình đường chống ngập ở các bản Phé, Mý, Bá xã Phú Xuân; bản Chiềng xã Phú Sơn, cầu treo Phú Xuân và cầu treo Chiềng. Ngoài ra, 5 công trình trường học, trạm y tế phải hoàn trả vẫn chưa có tiền chi trả cho UBND huyện Quan Hóa để thi công.
Năm 2010, chủ đầu tư đã ký hợp đồng với Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) với giá bán điện trung bình năm là 657 đồng/kWh. Do dự án thi công kéo dài, điều chỉnh thiết kế và điều kiện thủy văn khiến điện lượng giảm xuống, cùng với yếu tố trượt giá nên tổng mức đầu tư dự án tăng lên khoảng 1.169 tỉ đồng.
